합병 후 기술인력개발비 세액공제, 언제부터 적용될까요?

회사를 운영하다 보면 세금 문제는 언제나 골칫거리죠. 특히 기업 성장의 핵심인 기술 및 인력 개발에 투자하는 비용은 만만치 않은데, 다행히 세법에서는 이러한 투자를 장려하기 위해 세액공제 혜택을 제공하고 있습니다. 그런데 만약 회사가 합병되었다면, 합병 전 피합병법인의 기술 및 인력개발비도 세액공제 혜택을 받을 수 있을까요? 그리고 언제부터 적용될까요? 오늘은 이와 관련된 법령 해석에 대해 알아보겠습니다.

기술 및 인력개발비 세액공제란?

기업이 기술 및 인력 개발에 투자하는 비용의 일정 부분을 법인세에서 공제해주는 제도입니다. 과거에는 '조세감면규제법'이라 불렸고, 현재는 '조세특례제한법'으로 명칭이 변경되었습니다. 이 법에 따르면, 제조업, 광업 등 특정 사업을 하는 내국인이 기술 및 인력 개발에 지출한 비용 중 일정 금액을 세액공제 받을 수 있습니다. (현행 조세특례제한법 제10조 제1항 참조)

쟁점: 합병 전 피합병법인의 개발비용 포함 여부 및 시점

만약 A라는 회사가 B라는 회사를 합병했다면, 합병 전 B회사가 지출한 기술 및 인력개발비도 A회사가 지출한 것으로 간주하여 세액공제를 받을 수 있을까요? 그리고 이 규정은 언제부터 적용될까요? 이것이 바로 오늘 소개할 판례의 핵심 내용입니다.

관련 법령

• 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것) 제9조 제1항
• 구 조세특례제한법시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 것) 제9조 제4항 및 부칙 제4조

2000년 1월 10일 개정된 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제4항은 합병법인의 경우 합병 전 피합병법인이 지출한 기술 및 인력개발비를 합병법인이 지출한 것으로 본다는 규정을 신설했습니다. 그런데 이 규정의 적용 시점을 두고 논란이 발생했습니다.

법원의 판단

법원은 조세법률주의 원칙에 따라 법문 그대로 해석해야 한다는 입장을 밝혔습니다. 즉, 위 시행령 부칙 제4조에서 "제9조 제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 세액공제를 신청하는 분부터 적용한다"고 명시했으므로, 피합병법인의 기술 및 인력개발비를 합병법인의 것으로 보는 규정은 시행령 시행일인 2000년 1월 10일 이후 최초로 세액공제를 신청하는 분부터 적용된다고 판단했습니다. (대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두5521 판결 참조)

결론

합병 전 피합병법인의 기술 및 인력개발비를 합병법인이 지출한 것으로 간주하여 세액공제를 받을 수 있도록 하는 규정은 2000년 1월 10일 이후 최초로 세액공제를 신청하는 분부터 적용됩니다. 따라서 그 이전에 합병이 이루어졌고, 피합병법인의 개발비를 제외하고 세액공제를 신청했다면 문제가 없습니다. 이처럼 세법은 끊임없이 변화하므로, 항상 최신 법령과 판례를 확인하여 불이익을 받지 않도록 주의해야 합니다.